W Bałtyku występują wahania zasolenia, zaznaczające się w krótkich okresach czasu, które wynikają z nierównomiernego dopływu wód słodkich lub różnej intensywności wlewu wód morskich. Zjawisko to dotyczy głównie Cieśnin Duńskich oraz ujść rzecznych. W dużych akwenach Bałtyku wahania te dotyczą głównie warstwy głębinowej. Oprócz tego obserwuje się zmienne zasolenie wód powierzchniowych, które maleje wraz z oddalaniem się od cieśnin duńskich. Średnie zasolenie wód powierzchniowych Bałtyku jest równe 7,5‰, natomiast dla porównania średnie zasolenie wód oceanicznych: 36,6‰.
