Protisty mają duże znaczenie w życiu innych organizmów, w tym człowieka.
Te, które posiadają zdolność do fotosyntezy, dostarczają tlenu i są pokarmem dla innych organizmów. Protisty żyjące w żołądku zwierząt roślinożernych, na przykład krów, umożliwiają im trawienie pokarmu, który zawiera celulozę.