Melchior Wańkowicz pochodził z rodziny ziemiańskiej herbu Lis, zasłużonej dla obrony polskości na Kresach. Jednym z jego krewnych byl Walenty Wańkowicz, przyjaciel Adama Mickiweicza, jego ojciec brał udział w powstaniu styczniowym za co został zesłany na Syberię. Po powrocie ożenił sie z Marią Szwoynicką, miał 3 rodzeństwa: Czesława, Witolda oraz Reginę.