Po studiach wrócił do Torunia i od 1503 roku pracował jako sekretarz swojego wuja, był również kanonikiem, ale nie przyjął nigdy święceń kapłańskich. Pracował też dla rządu, jako ekonom.
Pasją Mikołaja Kopernika była astronomia.To on przedstawił teorię heliocentryczną. Oprócz tego był wybitnym matematykiem i leczył także ludzi. Poza tym opiekował się siedzibą biskupów w Lidzbarku Warmińskim
