Konflikt rozpoczął się po ogłoszeniu niepodległości w grudniu 1991 przez Macedonię, stanowiącą wcześniej jedną z republik federacyjnych Jugosławii. W nowym kraju początkowo pojawiły się hasła przyłączenia do niego zamieszkałych przez Macedończyków terenów poza granicami. Co prawda rząd Macedonii szybko zadeklarował brak jakichkolwiek roszczeń terytorialnych, jednak Grecja zablokowała nawiązanie przez nowy kraj stosunków dyplomatycznych z Unią Europejską. Od 1992 toczyły się negocjacje, jednak Macedończycy odrzucali proponowane przez Greków nazwy bez użycia słowa „Macedonia” (np. Republika Skopje czy Republika Wardaru), natomiast Grecja odrzuciła portugalską propozycję nazwy „Nowa Macedonia”. W 1993 Macedonię przyjęto do Organizacji Narodów Zjednoczonych pod tymczasową nazwą „Była Jugosłowiańska Republika Macedonii” (ang. The Former Yugoslav Republic of Macedonia – FYROM[12][13]). Jednak na początku 1994 Grecja zerwała negocjacje, zamknęła swój konsulat w Skopje oraz nałożyła na Macedonię embargo handlowe. Wysiłki ONZ, UE i Stanów Zjednoczonych doprowadziły do zawarcia tymczasowego porozumienia w roku 1995. Wznowiono stosunki dyplomatyczne i gospodarcze pomiędzy państwami, oba kraje wyrzekły się wszelkich działań godzących w suwerenność i integralność polityczną swojego sąsiada oraz zapewniły, że nie będą wykorzystywać symboli stanowiących element historycznego dziedzictwa kulturowego sąsiada. W efekcie Macedonię przyjęto do Rady Europy i OBWE[7].
