W okresie niewoli narodowej Kościół polski przeżył czas wielkiej próby. Rola, jaką pełnił Kościół w Polsce przedrozbiorowej, przesądziła, że zaborcy nieufnie, a niekiedy wrogo odnosili się do katolicyzmu polskiego i do przedstawicieli Kościoła. Ograniczono kontrakty biskupów z Rzymem, a hierarchię podejrzewano o służbę obcej racji stanu. Owszem, Kościół nieustannie stawał w obronie kultury i wolności narodowej. Z powodu przeciwstawienia się rusyfikacji został aresztowany i deportowany arcybiskup warszawski Zygmunt Szczęsny Feliński (1822–1895). Podobny los spotkał kardynała Mieczysława Ledóchowskiego (1822–1902), który w okresie kulturkampfu wystąpił przeciwko germanizacji Polaków na terenie zaboru pruskiego.