Po uzyskaniu przez Polskę niepodległości, w 1919 roku został utworzony Państwowy Instytut Geologiczny, gdzie Jan Samsonowicz podjął prace jako redaktor wydawnictw. Mimo licznych obowiązków redaktorskich, nie zaniedbał On jednak pracy naukowej. Badania geologiczne prowadził głównie w trzech regionach: w Górach świętokrzyskich, na Niżu Polskim i na Wołyniu. Do szczególnych osiągnięć Jana Samsonowicza z tego okresu należy odkrycie w 1922 roku złoża hematytu w Rudkach kolo Nowej Słupii, na którym otwarto kopalnię Staszic. W 1923 roku wraz S.Krukowskim, odkrył Jan Samsonowicz neolityczna kopalnie krzemienia w Krzemionkach Opatowskich.