Protisty zasiedlają głównie środowisko wodne. Jednak nie brak ich również na lądach. Można je spotkać niemal w każdym miejscu na Ziemii. Są w stanie przetrwać w klimacie Arktyki i Antarktydy lub osiedlić się w gorących źródłach o temperaturze wody dochodzącej do 85 °C. Rozwijają się na skałach, pniach drzew a nawet na ścianach i dachach budynków. Mogą też żyć wewnątrz lub na zewnątrz innych organizmów.
