Pierwotniaki mają duże znaczenie pokarmowe dla wielu zwierząt.
Duże znaczenie mają również w filtracji wody oraz trawią celulozę.
W słodkich wodach mogą służyć do sprawdzania czystości wody.
Tworzą one również pokłady skał wapiennych.
Duże znaczenie mają w środowisku wodnym oraz przebiegu materii.
Występują w wodzie oraz osadach dennych.
